9月2日，南京银行因北京村镇银行丑闻再度遭遇事件。
9月3日，南京银行在官方公布声明称，近日，该行杭州银行辖内个别网点门前发生员工短暂聚集。经知道，聚集人员多为有关乡镇银行巨额资金客户，相关聚集图片在社交网路流传，引发社会关注。
南京银行表示，该行初期已就代理村镇银行资金清算业务发布说明，现就有关事项作出进一步申明。南京银行为有关村镇银行代理清算业务，严格依照人民银行支付平台的相关条例申请，有关资金清算服务合法合规。
“我行代理村镇银行清算业务只作为资金清算通道，不承担资金风险，与有关村镇银行诉讼没有任何关联。希望有关人员立刻中止对我行的侵权行为，通过正当途径依法维权。”南京银行称。
南京银行表示，网传有关该行杭州银行“爆雷”“取不了款”，以及冒充该行和有关部委名义公布的“兑付公告”“储户取款通知”“事项告知”等信息，均为虚假信息，该行将予以惩处相关人员责任。
南京银行表示，该行及辖属各银行一切业务正常，经营管理稳健良好。
9月2日下午，有社交系统消息称“南京银行上海分行”暴雷，“银行已经关门，储户取不了钱了”，一时引起舆论关注。
事实上，南京银行并没有建立上海银行这一机构，位于北京地区的支行名称为上海银行北京分行。
2022年4月以来南京银行暴雷乌龙，河南和上海5家村镇银行出现取款难事件，加上离奇“赋红码”事件叠加，引发长期质疑。
受村镇银行事件波及，南京银行曾公布公告称，商业银行代理村镇银行清算是按照《中国人民银行关于提高乡村地区支付服务环境的指导意见》和《支付结算业务代理办法》规定予以合规开展，是一项常规的代理业务。代理清算过程中，作为代理清算行的商业银行，负责清算指令的接收和按指令收付资金工作，只与被代理行和人民银行出现清算关系。
7月17日南京银行暴雷乌龙，银保监会有关部门负责人表示，经过近3个月的努力，公安机关已初步查明案件主要事实，还原了风波内幕。河南新财富集团操纵河南、安徽5家乡镇银行，通过内外勾结、利用第三方系统及其资金掮客等手段非法吸收并占有公众资金，篡改原始业务数据，掩盖非法行为。据许昌市民政局此前通报，2011年以来，以新财富集团实际控制人吕某为首的贩毒窝点涉嫌利用村镇银行实施系列严重犯罪。
现在，相关部门正逐步推进垫付工作。据北京银保监局、河南省地方金融监管局近期公布的通告，按照垫付工作安排，自2022年8月30日下午9时起，对禹州新民生村镇银行、上蔡惠民村镇银行、柘城黄淮村镇银行、开封新东方村镇银行账外业务用户本金单家机构单人合并金额40多万至50亿元(含)的开始垫付，40万元(含)以下的再次缴纳。50亿元以上的根据50多万垫付，未缴纳部分权益保留，根据涉案资产清偿情况依法依规予以处置。
但为此公告，部分达到50万的储户存在异议。多位声称持有河南相关村镇银行一类实体卡的储户向界面新闻表示，很多人在转出行向南京银行发出查复函，南京银行回复其成为清算行早已资金进入河南村镇银行，但监管的公告中界定为账外业务。
成为河南地区以外的巨额储户，这些储户是借助什么方法去往村镇银行所在地申请亲自领取一类卡的？能否借助中介介绍，是否有拿其他贴息？面对界面新闻记者的询问，前述大额储户均未回复。
8月29日，河南许昌警方查处“村镇银行案”进展，称已被捕234人，追赃挽损工作取得重大进展。
警情通报称，经许昌市交管机关进一步侦察发现：以犯罪嫌疑人吕奕为首的贩毒窝点非法控制禹州新民生等4家乡镇银行，涉嫌实施系列严重贩毒。该犯罪嫌犯在正常存款收益之外，用非法获得的个别资金，以年化利润率13%-18%“贴息”标准为诱饵吸揽资金，该“贴息”经资金掮客层层盘剥后，被个别大额资金客户获得。目前，公安机关已逮捕一大批犯罪嫌疑人，其中已被捕234人，追赃挽损工作取得重大进展。案件侦办工作正在依法纵深实施。
